a ver no te entiendo.
colocaste el parche, luego prendes el SE y en lugar de visualizar la carpeta other veras la carpeta menu dentro de other. lo que se hace en borrar lo que esta dentro de esta carpeta y reemplazarlo por el menu que quieres.
Fácilmente podrias aber utilizado el setool para subir el nuevo menu, con lo que ami respecta es mas facil.
si lo quieres poner al menu con el setool lo unico que tienes que hacer es crear la ruta en carpetas (tpa/preset/system/menu <--aqui el menu que quieres), comprimirlo en zip y subirselo. esto tiene que resolver tu problema.