No, no afecta para nada, es mas en los tutoriales que dices mencionan por que esto podria perjudicar el proceso?
Yo te digo, en modo flash el telefono no lee ninguna de las dos tarjetas, por eso no puedes accesar a las SIM o la Stick con el telefono en modo flash con ningun programa.
En la practica he falsheado mi telefono cientos de veces desde hace mas de dos años y nunca le ha pasado nada por tener las tarjetas insertadas.
Saludos!
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