Lo que sucede es que el SE Theme Creator no tiene soporte para Menus en Flash, por lo tanto, cada vez que importas un archivo el programa revisa la coherencia del XML que controla el tema y elimina las líneas que no "reconoce". Existe otro programa que tiene soporte nativo para wallpapers flash y me parece que menús flash también pero el nombre se me pasa por alto este momento. De todas formas te queda la opción manual que consiste en renombrar el tema de *.thm a *.tar, extraer el XML y editarlo, añadiéndole nuevamente la línea que se perdió.

Saludos cordiales.