cuando mis pendrives tienen algun virus maldito como por ejemplo el amigda.exe lo que hago no es limpiarlo con algun antivirus, sino que lo limpio con gnu/linux, cualquiera de sus plataformas basadas en este codigo, te muestran todos , pero absolutamente todos los archivos que hay en tus unidades duras o extraibles, te muestra hasta los virus y te permite borrarlos sin ningun problema

Te recominedo que insertes la mamory stick en un computador con linux (Ubuntu por ejemplo) y lo limpies manuamente

suerte

postea tus resultados