1 Hey amigo es que debes de enzarlo desde el .thm al .swf. Pero consigue el tema que quieras enlazar.
2. bajate de la web un programa llamdo IZArc, http://izarc.softonic.com/.

3. vas a descomprimir el archivo ".thm" del tema usando este programa. te recomiendo que lo hagas dentro de una carpeta nueva donde no tengas ningun archivo ya que van a aparecer varios archivos.

4. entre todos los archivos hay uno que tiene la extension ."xml" por lo general se llama theme.xml.

5. seleccionas el archivo con boton derecho y le das a cambiar nombre y colocas el mismo nombre pero con extension ".txt", quedaria theme.txt le das aceptar a la advertencia que te sale.

6. das doble clic en el archivo este se abrira con block de notas.
encima de esta linea de comando
<Background Color="xxxxxxxxxx" />
vas a colocar esta
<Desktop_style Type="File" Source="nombre del menuflash.swf" />

donde estan las "nombre del menuflash.swf" vas a colocar el nombre del menu flash que quieres activar con ese tema.
si esta linea existe solo cambia modifica el nombre del menu flash que quieres activar, no modifiques mas nada. guardas el archivo.

7. vuelves a cambiar la extension del archivo por la original, osea la "theme.xlm"

8. luego selecciona todos los archivos que descomprimistes y los vuelves a comprimir usando IZArc. pero en las opciones compresion vas a escoger ".tar" en la ventana de tipo de archivo. lo guardas en la ruta que quieras con el nombre que quieras, preferiblemente el mismo del menu flash, asi no te enredas. quedaria algo como "nombre.tar"

9. por ultimo cambias la extension de este archivo por ".thm" que es la extension de los temas. quedaria "nombre.thm"

listo ta tienes el tema que activa el menu flash que escojistes, cabe destacar que si vuelves a abrir este tema con thema creator y haces alguna modificacion, se perdera la relacion entre tema y menu flash, osea tendrias que hacer todo de nuevo para volverlo a enlazar con un menu flash.