Para meterlos con SEtool tienes que crear en tu computadora una carpeta llamada tpa dentro de esta va otra preset y en esta otra system, creas una adentro de system y la llamas desktop, en desktop tambien va una carpeta llamada flash para que asi te quede la siguiente ruta

tpa\preset\system\desktop\flash

En la carpeta llamada Flash van los menus flash con extencion swl
Solo te vas a donde se encuentra la primera carpeta "tpa" le das click derecho y la comprimes pero con terminacion zip y los subes con SEtool en donde dice Misc y le das Flash. ¿Para que le vas a volver a meter los que ya tienes? ¿cual es el caso? Solo debes subir nuevos a menos de que los hayas borrado