Hola,solo tenes que subirlos en su ruta correspondiente:

Los menus flash (swf) en tpa/preset/system/desktop/flash

Aca los temas (.thm) tpa/preset/user/theme

Fijate el tutorial:

[TUTORIAL] Flashear y subir archivos!!! SETOOL 2lite - Top Sony

Es solo buscar..

Saludos