Yo le saco la sim y memory stick solo si le cambio el imei o fs. Pero si le pongo no se, mm un flash theme no le saco nada y nunca tube problemas. Peor igual si no queres tener problemas hazlo como tu quieras.

Cuando finaliza el Setool yo primero quito el cable y despues el quit (es mas comodo que pinchar X porque es mas grande)
A mi pensar, ninguna de las tres opciones puede alterar el proceso porque cuando dice que finalizo todo es como que la compu y el cel ya dejan de estar conectados y no intercambian mas informacion, asi que no tendria que pasar nada.