Cuando cargas el Main Fake le haces las modificaciones que quieres y luego una ves terminado le subes el Main original (*.mbn).

Para que el SE Tool te funcione (lo mismo con el Far Manager) antes tienes que instalar los USB Flash Drivers (vienen en la carpeta del SE Tool), ah y tambien fijate si en la carpeta rest del SE Tool esta tu rest, si no esta le colocas uno correspondiente a tu firmware en esa carpeta.

Hacer scripts con el SE Tool para borrar cosas es un poco dificil (si no saves la ruta y los nombres de cada archivo que vas a borrar), en cambio con el Far Manager vas a la ruta y los borras todos. Yo utilizo el SE Tool para subirle cosas a mi cel nada mas no para borrar.