Creas la carpeta tpa, dentro la carpeta preset, dentro la system, dentro desktop y dentro de esa flash, te debe quedar un directorio asi:
tpa/preset/system/desktop/flash, ´dentro pones el menu .swf, y luego lo comprimes en zip.
te debe quedar un zip que al abrirlo tenga esta ruta tpa/preset/system/desktop/flash/nombredetumenu.swf
luego lo pones el archivo ZIP en misc files del setool2lite y le das flash.

O puedes usar far manager y el plugin JDFlasher o SEFP, busca un tuto, hay uno para cada plugin y con los 2 puedes entrar, luego ahi metes el archivo, es más mecanico, porque estas entrando a esa ruta en el celular, y puedes ver lo que subes.