Hola.
Por lo que tengo entendido el MAIN es el SISTEMA OPERATIVO en sí del teléfono, mientras que el FS contiene todos los archivos necesarios para que el teléfono funcione (algo así como Archivos de Programa en Windows). Recuerda que para flashearlo necesitas tanto el MAIN como el FS (ambos deben pertenecer a la misma región), luego deberás finalizarlo con el CUSTOM o CDA y posteriormente aplicar el parche VKP junto con el MAIN nuevamente.
Saludos cordiales.
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