Hola amigo, depende lo que hiciste esta flasheado, si le subiste el main, fs y custom generico, esta flasheado, pero si unicamente modificaste los valores del customize de false por true, creo que no esta flasheado(Si no es asi corrijanme por favor, pero de buen manera)
A lo archivos .swf los subes por medio del setool que es el mas facil, y luego los temas en modo transferencia de archivos.