no tiene nada que ver el far con le setool. los 2 son programas para acceder al SE pero de distinta forma. ¿reescribes la gdfs y nada? prueba flasando por completo (main, fs, custom) aver si revive.
pega un logs de cuando subiste el parche asi vemos bien el problema

PSD: al custom lo subes como dijiste con las rutas en carpetas y comprimido en zip.
las rutas son tpa/preset/custom.