ya vi tu error de porque no se borraron
checa la imagen que posteaste
arribita de lo marcado te aparece "rmdir: 42"
arriba de este renglon te aparece lo que contiene el archivo que querias escribir en el telefono y tu pusiste
"rmdir /tpa/preset/system/desktop/flash"

y ve la manera en la que te dijo nuestro compañero Serpico
para borrar lo haces igual que como los subiste solo sigue estos pasos sustituye este comando por el menu que quieras borrar,
1. abres el bloc de notas.
2. escribes el siguiente comando (asi de simple):
delfile:/tpa/preset/system/desktop/flash/menu1.swf
delfile:/tpa/preset/system/desktop/flash/menu2.swf
.......
.....
..
* una linea por cada archivo.
** o tambien puedes usar el siguiente comando que elimina toda la carpeta:
rmdir:/tpa/preset/system/desktop/flash
3. Luego lo guardas como archivo de texto (*.txt).
4. Abres el Setool, seleccionas tu modelo y le das clic en "write Script".
5. Sigues todos los pasos y ya.
ya viste tu error
escribiste: "rmdir /tpa....."
en vez de: "rmdir:/tpa...."

prueba ahora haber si funciona

agradece si te fui de ayuda