Bueno amigo si sabes todos los nombres de los temas flash que subistes podrias hacer esto usando setool lite creo que seria mas conveniente y evitar el flasheo.
1. abres el bloc de notas.
2. escribes el siguiente comando (asi de simple):
delfile:/tpa/preset/system/desktop/flash/menu1.swf
delfile:/tpa/preset/system/desktop/flash/menu2.swf
.......
.....
..
* una linea por cada archivo.
** o tambien puedes usar el siguiente comando que elimina toda la carpeta:
rmdir:/tpa/preset/system/desktop/flash
3. Luego lo guardas como archivo de texto (*.txt).
4. Abres el Setool, seleccionas tu modelo y le das clic en "write Script".
5. Sigues todos los pasos y ya.

Pdta: para borrar los archivos thm no necesitas usar el Setool2 Lite, simplemente lo eliminas desde su administrador de archivos.