Amigo lo mas seguro es que estes intentando encriptar una carpeta el mobyexplorer solo encripta archivos, pero no te lo recomiendo para encriptar archivos lla que tarda mucho tiempo con archivos grandes lo que te recomiendo es que lo pongas como oculto en este caso si puedes poner archivos y carpetas, lo haces asi: en el mobyexplorer te paras sobre el archivo o carpeta que no quieres que vean le das menu y luego properties, bajas y en la opcion que dice hidden la aceptas y listo.

SI TE AYUDO MI APORTE POR FAVOR AGRADECE.