Usa SE Tool lite 1.08 para flashear, pero primero pasate por SEUS y actualiza tu CID49 a CID52.
Luego te recomiendo el ultimo firmware, el R6. Hasta ahora no me ha dado ningun problema.
Respecto a que mas modificaciones yo te recomiendo que le pongas menus gifs, con los accesos directos @, para que los puedas entrecambiarlos rapido.
Ya seria tu gusto si cambias los acoustics y el camdriver. Te recomiendo ampliamente que leas los post donde se hable de ellos, y sobre todo donde se hable de problemas con los mismo.
Eso si, primero que nada busca aqui mismo en el foro los originales, para que los tengas siempre a la mano por si te sale algo mal o simplemente no te gusta el resultado.

Y usa Far Manager para estas modificaciones.