Mira, para agregar juegos al emulador MeBoy, debes tener instalado el Java (cualquier version), hacer doble-click en MeBoy (El MeBoy que te descargaste, sin ningun ROM), espera y te aparecera una ventana que te dara opciones (escoja Add Rom) y selecciona el ROM que quieres cargar. Puedes añadir muchos, pero considera tambien el tamaño. Al terminar de cargar todos los ROM, selecciona FINISH. Recuerda tambien tener al menos 5 Mbytes para las partidas guardadas.

Saludos!!