Puedes Flashear solamente el File System, o el Main pero asegurate que sea la misma version que la que tienes. (La version del main tiene que ser compatible con la del File System).

No es necesario que flashees el Main ni el File System para personalizarlo.

Antes que todo, tienes que estar seguro que le hagas un Back Up a la GDFS con el SeTool2 Lite. Tal como dice en el tutorial.