Al abrir el EQHalmer solo te pide que presiones la A para que se agregue una opción al menu que te aparece cuando le haces clic derecho a los archivos .jar (para firmarlos). Lo que te sugiero hacer, que seguro no te va a fallar es mover la carpeta donde tienes dicho programa a esta ruta C:\ (Si, solo C). Luego extraer de su carpeta (LIB) y pegar afuera los archivos "unzip" y "zip".
Y por último para firmar, lo que deberás hacer siempre (solo este paso) es arrastrar los .jar al EQHalmer y listo. Ya tienes el .jad... Si tienes alguna duda solo pregunta... Saludos amigo...