Se pueden meter con Far Manager o el SE Tool que para mi es ma fácil, con el Far te vas a tpa/preset/system/desktop/ <------ aca pones tu menus flash y lo mismo con el SE Tool solo que ahora creas carpetas con los nombres anteriores: tpa, dentro de esta preset, dentro system, dentro desktop y dentro tus menus flash y los comprimes en formato *.zip y los cargas con SE Tool.
Saludos!
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