Primero debes tener el Java instalado en tu PC. Luego al MeBoyBuilder le pones click derecho, te vas a la sección Abrir con... y eliges Java TM Runtime. Luego te saldra un recuadro y debes poner ADD ROMs, seleccionas el Rom y pones Add, te preguntara si quieres finalizar el archivo ó agregar otro rom...

Suerte y saludos!!