La memory stick la puedes formatear, lo único que pasaría es que se te borrarían todos tus archivos.

Modo teléfono te permite acceder a la memoria del equipo y además usar las funciones de modem y comunicación de datos.
Modo transferencia de archivos te permite usar el equipo como un Jump/Pendrive (memoria USB), el cual te permite trabajar directamente con el explorador de Windows (o Linux), pero pierdes las funciones de modem.

Te recomendaría trabajar sobre modo de transferencia de archivos ya por lo menos a mi me funciona más rápido que en modo teléfono y además en modo teléfono ocupas aplicaciones como PcSuite, o el MyPhoneExplorer entre otros, para poder acceder a la memoria.

Saludos