Vas a crear varias carpetas simulando la ubicacion de los archivos a subir ... todas tienen que tener los mismos nombre que detallo a continuacion y una carpeta dentro de otra ... asi te debe quedar :
tpa/preset/system/desktop/flash
en la carpeta flash vas a colocar todos los swf que gustes, luego de eso comprimes la carpeta principal en zip; tendria que quedar asi tpa.zip ...
Ahora abres setool2 lite 1.08
Escojes tu modelo
En Misc eliges la ruta de tu archivo tpa.zip
Y luego le das a flash y listo !!!
Luego para activar los themes flash subes los thm (correspondientes a los swf) a la carpeta temas via administrador de archivos y seleccionas el que mas te gusta !!!
Bueno no olvides sacar una copia de seguridad de tu Gdfs ...