No necesariamente los archivos que van en MISC Files deben estar zipeados.
De hecho, el nombre del parametro lo dice "Archivos Miscelaneos"... es decir, Custom Pack, Scripts, Respaldos GDFS, etc.
Todos los archivos que sean complementos al firmware o al funcionamiento base del telefono, van ahi.

Por lo general, cuando el equipo no te responde despues de flashear, pero el setool o cualquier otro programa te lo siguen reconociendo; puede significar un problema de GDFS y ahi debes aplicar el respaldo.