en la pestaña file system esta esa opcion tienes que seleccionas la primera casilla force to folder y luego solo pones la ruta con la que quieres trabajar y apretas upload file to FS , se abre una nueva ventana y ahi seleccionas los file que quieres subir , luego que terminas de subir todo solo apretas shutdown FS , eso es todo

saludos

nafg