@jd007cool
Si se pueden copiar cosas de tu teléfono a la PC (fotos, sonidos, videos, etc.) Lo que no podrás copiar (y no es solo por flashearlo, sino por seguridad de tu teléfono) son archivos de la FS (File System) en la que se encuentran archivos como los sonidos de la camara, drivers, etc.
Flashear no presenta ningun tipo de problemas... Saludos amigo...