Aunque hay programas que permiten el cambiode IMEI, recuerda no sólo el hecho de que es ilegal sino la conveniencia de no hacerlo para evitar lios al flashear y actualizar el movil.

Respondiendo a tu pregunta, no, no debería cambiarse el IMEI por el mero hecho de actualizarlo. Eso sí, recuerda que con el propio Far Manager puedes crear una copia de seguridad dependiendo del modelo de tu movil de todo, por si acaso. La ventaja es que en un único archivo tienes todas las zonas de memoria del movil.