Ya te han dado la respuesta. Sólo debes modificar la extensión de los juegos de ".rar" o ".zip" a ".jar"

La razón de mostrarte muchas carpetas es que los archivos jar son, en el fondo, carpetas comprimidas con formato zip, por eso interactuas con ellas como si fueran archivos zip común y corrientes.

Lo del "programa especial que comprime cualquier fichero a . jar" no tiene mayor gracia, cualquier programa que tengas para comprimir soporta .zip.