Al flashear no tocas nada de lo que tiene que ver con el IMEI, es tan solo una actualizacion de software, subirle drivers, etc. El IMEI es su numero de identificacion, el problema es cuando ya el celular tiene el IMEI cambiado (generalmente por razones ilicitas) y por otro metodo que no tiene nada que ver con el flasheo, y para que funcione un celular asi lo que hacen es parchear su software (Main Firmware), y cuando una flashea uno asi, se pierde este PARCHE, caso contrario 100% seguro.