El Kernel (Núcleo) es la parte fundamental del sistema operativo y es el que se encarga de dar acceso del hardware a los programas. Digamos que es el encargado de recoger y gestionar las ordenes que le llegan de las aplicaciones y mandárselas al hardware para después recoger las respuestas y devolverlas a las aplicaciones, por ejemplo, el desbloquear la pantalla al pulsar un botón. Es el corazón de cualquier sistema operativo.
En pocas palabras: "El Kernel del equipo es un conjunto de programas que logran conectar el hardware del equipo con el software, en este caso, el sistema operativo Android.".
Android tiene como núcleo Linux.
Cyanogen Mod es un grupo de desarrolladores que pues hacen roms Android para varios dispositivos android de diferente fabricante., es decir a sus roms les dan diferentes versiones que la mayoria las abrevia como CM7, CM9, CM10...Esto dependiendo de la version de android de estas, CM7 esta basada en GingerBread, CM9 en Ice Cream Sandwich y CM10 en Jelly Bean.
Entonces si tu decides instalar una rom de CM, puedes hacerlo, pero las roms de CM necesitan de un kernel especifico que ellos mismo te ofrecen junto con las roms. Asi que Cyanogen Mod son solo unas roms.
Saludos =D
EDITO: Exiisten Desarrolladores que hacen kernels para CM, y para los firms de el fabricante, en los SONY 2011 por ejemplo, los mas conocidos son Nigh-Elf que hace para los 2, Inteks, este solo hace para uno.. Entree otros...
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