Flasheando el MAIN no se pierda nada, es el FS donde se pierden los datos del usuario si es flasheado.

No te queda mas remedio aleale05 que volver a flashear todo de nuevo, pues dudo mucho que sea un error del Far, ya que es primera vez que leo algo como esto, intenta flashear todo de nuevo, no vaya a ser que sea un error del móvil y por alguna cosas la memoria interna se esté dañando.

Saludos!!!