si no quieres que el iTunes borre lo que tienes usa share ipod para copiar toda la multimedia y ademas te permite agregar mas, o ifunbox que es mas uril ya que te permite copiar las apps que ayas descargado.
Si no quieres que iTunes borre las apps que ayas descargado vete a installous y en ajustes (settings) esta una obcion de iTunes sync solo apagala y listo.