De que forma lo tratas de actualizar? via OTA o PC companion, tienes el bootloader abierto?,

bueno si rooteaste, y te salio la actualizacion via OTA, no tiene por que "des-rootearse" se actualizara a la .62 y uedara root, pero si lo actualizas con Pc companion si se perdera, yo tengo root e mi xpperia pro mk16 ".62" con root