Si nada más vas a subir los menú flash al móvil, borra lo que tengas dentro de las carpetas "files_to_phone" y "files_to_upload", una vez que borres todo lo que tengas dentro de esas carpetas, vas a crear una llamada "tpa", dentro de "tpa" otra llamada "preset", dentro de "preset" otra llamada "system", dentro de "system" una llamada "desktop" y dentro de "desktop" otra llamada "flash", te lo explico paso por paso para que entiendas y dentro de "flash" es donde vas a meter los menú swf. Esa creación de carpetas la tienes que hacer en ambos directorios. Te quedaría así.

files_to_phone\TPA\PRESET\SYSTEM\DESKTOP\FLASH <= aquí los swf
files_to_upload\TPA\PRESET\SYSTEM\DESKTOP\FLASH <=aquí los swf

Saludos!!!