No amigo los swf si se borrarían (sólo que los tengas en la M2 por medio de parche, entonces no) pero los thm no si es que los tienes en la M2 de ahi en fuera todo tu problema se soluciona con un full flash puedes hacerlo manualmente o con el tuto que te deja el amigo @deftonesever, de todos modos has un backup de todo lo que tengas modificado en la fs para que no se elimine nada, así te ahorras volver a buscar todo xD.
Saludos.
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