El tamaño y la posición del reloj se maneja mediante el Layout, creo que el layout que tiene el custom que le pones al cel cuando lo flasheas maneja un tamaño mas prqueño del reloj, supongo que debes, despues del flasheo, subirle un Layout que maneje un reloj mas grande, o tambien podrias sustituir el layout del custom que usas y ponerle uno que maneje un reloj mas grande, ésto es sólo una teoria, espero haberte ayudado.