Hola!! lo de los permisos,en general,te los pide la aplicacion cuando la inicias a medida que los requiere..por ejemmplo,una app que necesite leer tus contactos te pedira "permitir a la aplicacion leer datos de usuario?"
en canto a lo de borrar aplicaciones,si te las trae de fabrica tendras que borrarlas con el a2 uploader...o ponerle un CDA generico...Lo mejor seria que nos digas que aplicaciones quieres borrar!!
Un saludo