Al hacer un flasheo absolutamente todo se sobreescribe o remplaza como lo quieras llamar ay algunos firmwares que son más pesados que otros como te dicen es mejor usar MAIN y CDA genéricos.
Lo de la batería no por que los hayan comprado en el mismo jugar el mismo dia esto no quiere decir que uno pueda estar más viejo que otro (recuerda los compraste usados) puede haber muchos factores desde el nivel del brillo que tienen los temas que usan unos jalan más batería que otros hasta hardware como algún corto o que algún flex no conecte bn también deberías de checar el amperaje de las baterías puede que no sean las dos iguales o que una este más vieja que otra.