No te entiendo completamente, pero en ocasiones al meter imagenes en SE Image Tool anda todo bien pero al momento de sacarlas o extraerlas salen con fondo negro, eso debido a un conflicto seguramente del mismo programa y que realmente no se puede hacer nada para retirarlo mas que editando manualmente con PS perono quedara igual, porque pierdes pixeles, sin embargo mientras esten dentro del IC (estoy hablando de DB3210) andan bien en mi SE, sin ningun fondo, el problema es al extraerlos.

Me supongo que tu caso y el mio son parecidos.

Saludos!