Pues mira mi amigo no se como lo estes haciendo pero, lo que dice ahi es que si quieres actualizar tu cid a 52, lo siguiente dice que si estas deacuerdo esto ya tomes en cuenta que ya no se va a poder deshacer.
Yo te recomiendo que lo hagas con far para mi es mas facil.
Lo del customize si es universal (O corrijanme si estoy mal).
Y si no pones el customize no pasa nada solo que al aplicar el tema no vertas cambio alguno, recuerda que los swf deben de ir en esta ruta tps/preset/system/desktop/flash.
Un saludo