No, intenta entrar a la FS de tu cel y respalda los archivos que indican en el tema siguiente que te dejo, esto se hace con el A2 Uploader también. Ahí se explica cómo respaldar contactos y mensajes, la información más importante creo yo. Los archivos guardados en la MS no se pierden; los guardados en el teléfono, sí.

[TUTORIAL] Respaldar Contactos, Mensajes de Texto y Mensajes Multimedia desde FS.

De todos modos, te recomiendo que hagas un backup de toda la carpeta SYSTEM que está dentro de TPA, en la FS. Después de flashear subes la carpeta completa y listo.

Nos vemos.