mmmmmmmmmmm
no te comliques con todo eso del fs y eso
mira amigo
lo unco que tienes que hacer ( y no importa que fs tengas ni que CDA uses ni nada )
es crear tus carpetas que son :
tpa/preset/custom en esta ultima metes el custumize o el archivo ese
comprimes la carpeta tpa en zip y la subes con Setool2lite V1.11

y para meer los metas ( ya deviste aver metido el custumize )
creas las carpetas
tpa/preset/system/desktop/flash y en esta ultima metes todos los temas flash recuerda que son los archivos con extencion .swf
comprimes tu carpeta tpa en zip
y la suves con Setool2lite
y lusto compa tus temas flash funcionando al 100 %

espero averte ayudado
saludos