No lo confundamos mas. Primero. Ya sea con xs, setool o far. De acuerdo a tu Cid y a comodidad. Debes subir el customize_upgrade.xml para activar los menús, esta por aca en el foro, a la ruta tpa/preset/custom
Después de eso metes los menús .swf a la ruta tpa/preset/system/desktop/flash
Y su tema activador en donde los temas. Hay packs que traen tanto menu como tema activador. Asegurate que sean de tu version. Eso seria todo y tendrian que funcionarte bien. No tiene por que morir tu cel!