hola mira si te fijas bien en el tutorial de a2uploader te dice que cuando conectaste tu cel al exe pues si das click derecho sobre algun archivo alojado en cualquier lugar ammm ejemplo boot/phone_app.cxc le das clic derecho te salen 5 opciones mira la imagen
:


1. Read. Crea un respaldo de archivo, es decir, si presionamos esta opción en algún archivo por ejemplo un menú flash este menú flash se nos respaldara mandándolo del teléfono a la PC, este se guardara en la carpeta ph_out que esta donde vino el A2Uploader, para mas
2. Delete. Borra el archivo del al que apliquemos esta opción

3. New folder. Nos crea una nueva carpeta sobre la ruta donde se seleccione

4. set RW access. Quita la protección de algún archivo protegido (por ejemplo los temas de la operadora, sonidos, etc) para que pueda ser eliminado desde el teléfono o desde el A2Uploader.
5. set RO access. Protege archivos comunes del teléfono para que no sean borrados, para mas información de estas ultimas opciones pasen por aqui:
[INFO]Borrar Archvos Protegidos - Top Sony

extraido del [TUTORIAL] A2Uploader de mi amigo: -Luisz-