bueno si va ser la FS, puedes comprimir todo como tal, con sus carpetas etc etc...
agregarlo en misc files y dar flash

asi todos los archivos regresaran, y los que estaban en su lugar, seran reemlpazados por los que has respaldado.

pero por ultimo, si no flasheas la FS, los archivos de mas, se quedaran alli.
y como ya te dijeron, un respaldo de FS como tal, aun no es posible

saludos