Esta bien...
es asi como dices, ambos tenemos razon, el archivo se ejecuta, actualiza el CUSTOMIZE.XML y desaparece... o sea se borra, la proteccion contraescritura es para que no se borre, pero lo cargara cada vez que prendas en movil... asi que mejor borrarlo...
igual esta bueno dejar una copia en la pc por si queremos revertir este proceso, abrimos el archivo y le ponemos en la linea correcta:
<sleep-mode-clock>false</sleep-mode-clock>
y se sube de nuevo el archivo, que con el acceso directo se tardara 2 segundos, solo pasarlo por USB.