ola! amigo especifica un poco mejor para que te podamos ayudar mejor no sabemos que cel tienes ni que CID es...
Aqui te dejo unos consejos para flashear solo la main:
-Si usas Setool2 lite solo mete la main en la opcion "Add" y le aprietas el boton "FLASH" y esperas aque termine el proceso...
-Si usas farmanager cuando entres en modo flash entra el la opcion "oflash" y buscas tu main, la seleccionas y la copias(aceptas las opciones que te salgan)

pasate por estos tutoriales para que te familiarises con esos procesos:
Maximo Tutorial de Setoolite Todo en Uno Solo - Top Sony
Tutorial Generalizado FAR Manager - Top Sony

Recuerda que al flashear main se te borraran todos los parches que tengas...
Saludos!