Hola hermaryu.
Para escribir el patch en DOS. Los explico con un ejemplo:
suponiendo que tengas el main2raw y los FS en el directorio
c:\flash\

1) suponiendo que te encuentres en c:
simplemente accede al archivo ejecutable tipeando:
cd flash
ahora estás en c:\flash\
ahora solo tipea main2raw y accedes al programa

2) Si estás en otro directorio como
c:\documents & settings\User\
usa el comando
CD..
y subiras un nivel en la jerarquía de los directorios
es decir estarás en
c:\documents & settings\
una vez más
CD..
y estarás en el raíz
C:\
Ahora accede al programa como escribí más arriba y listo!!

En resumen
El comando CD (de "change directory") te va ayudar para eso

Ojalá te sirva!!! (no sé si es a esta ayuda a la que te refieres )