hola amigo pues yo que sepa no pasa nada si le estas metiendo menus layouts etc solo lo que no deves de hacer es desconectar el telefono por accidente

te dejo este tutorial para ser mas explicito ok

Tutorial Flasheo de A2 Gratuito - Top Sony

y para salir no te preocupes solo dale click donde dice Shutdown FS manager
y desconectas el celular

suerte